Нью-Йорк зализывает раны после недавней битвы, но хрупкий мир оказывается обманчивым. Хотя клан Фут повержен, а их лидер, Шреддер, пропал без вести, тень от его доспехов по-прежнему лежит на городе. Для братьев-черепах победа оказалась пирровой — их убежище разрушено, и они вынуждены скитаться по канализациям и докам, скрываясь ото всех, включая своего верного друга, репортера Эйприл О’Нил. Четверка мутантов, вечно скрывающаяся во мраке, впервые начинает задаваться вопросом о своем происхождении, о той таинственной силе, что создала их.
Их покой нарушает новое зло. Из заброшенной лаборатории гигантской корпорации «ТКГИ» похищена последняя канистра таинственного мутагена — того самого «изумрудного зелья», что когда-то подарило черепахам и их учителю Сплинтеру разум и силу. Похититель — никто иной как выживший Шреддер. Опаленный, лишенный своей прежней власти, но еще более одержимый местью, он находит последнее пристанище в самом сердце нью-йоркской системы метро, где собирает остатки своего клана.
Теперь у Шреддера есть план, более амбициозный и чудовищный, чем когда-либо. Он не просто хочет уничтожить черепах; он намерен превзойти их, создать свою собственную армию непобедимых мутантов-убийц. Его первыми подопытными становятся два ни о чем не подозревающих животных — волк и черепаха-аллигатор, превращенные в гигантских, примитивных и неконтролируемых монстров: Токку и Раззара.
Перед черепашками-ниндзя встает новая, неведомая ранее угроза. Им предстоит не только сразиться с физически превосходящими их тварями, но и столкнуться с собственным происхождением. Их путь лежит к истокам — в лаборатории «ТКГИ», где они встречают добродушного, но рассеянного ученого, профессора Джордана Перри, одного из создателей мутагена. Именно он приоткрывает завесу тайны над веществом, подарившим им жизнь.
Братство черепах подвергается испытанию. Они должны предотвратить, чтобы сила, создавшая их, была обращена во зло. Их миссия превращается в гонку по ночному Нью-Йорку — от сияющих крыш до ржавых железнодорожных депо, где их ждет финальное, апокалиптическое противостояние. Им предстоит сразиться не только с порождениями тьмы, но и с призраком собственного прошлого, чтобы защитить город, который даже не подозревает об их существовании.
